Jednostki milicji organizowane były także na niższym szczeblu zgodnie z obowiązującym podziałem administracyjnym państwa.
W pierwszych projektach uregulowań prawnych zakładano ścisłą podległość struktur MO właściwym terytorialnie radom narodowym, ostatecznie koncepcja ta nie została jednak zrealizowana. Status instytucji formalnie usankcjonowano dekretem z 7 października 1944 r., gdy hierarchicznie zbudowaną milicję podporządkowano bezpośrednio Kierownikowi Resortu Bezpieczeństwa Publicznego (od stycznia 1945 r. Ministrowi Bezpieczeństwa Publicznego). W nowej sytuacji uprawnienia rad narodowych określone zostały jedynie jako nadzór i kontrola społeczna, pewien ograniczony wpływ na działalność KW MO posiadali również funkcjonujący do połowy 1950 r. wojewodowie.
Na czele KW MO stali komendanci wojewódzcy mianowani przez ministra i podlegli służbowo Komendantowi Głównemu Milicji Obywatelskiej. Po ustaleniu w kolejnych miesiącach jednolitego wzoru organizacji w skład kierownictwa urzędów weszli także zastępcy komendantów ds. polityczno-wychowawczych, ds. operacyjnych i ds. administracyjno-gospodarczych, rangę zastępców przejściowo posiadali również szefowie lokalnych struktur ORMO.