Jest też członkiem rady akademickiej programu judaistycznych studiów doktorskich Uniwersytetu Karola w Pradze, Komisji Historii i Kultury Żydów Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie, komitetu sterującego Digital Humanities Forum, i in.. W kadencji 2024–2028 pełni funkcję przewodniczącego Rady Programowej Żydowskiego Instytutu Historycznego.
W swojej pracy nad historią chasydyzmu stosuje zarówno metody jakościowe, jak i geoprzestrzenne metody ilościowe, analizując czynniki geograficzne w rozwoju tego ruchu religijnego w dawnej Polsce i Europie Wschodniej. Podejście geograficzno-ilościowe stanowi podstawę szczególnie jego opublikowanego w 2018 roku Historycznego Atlasu Chasydyzmu, za który w tym samym roku otrzymał National Jewish Book Award. Poza Atlasem, wkładem Marcina Wodzińskiego w historiografię chasydyzmu są jego inne prace na temat rozwoju ruchu w kontekście szerszych procesów społeczno-historycznych regionu: Chasydyzm. Wszystko, co najważniejsze, Hasidism: A New History (współautor) i Studying Hasidism: Sources, Methods, Perspectives (współedytor).