W 1981 wszedł po raz pierwszy w skład rady ministrów, kiedy to w rządzie Pierre’a Mauroy został ministrem stanu, obejmując też resort nauki i technologii (od 1982 nauki i przemysłu). Podał się do dymisji w 1983 w proteście przeciwko popieraniu przez prezydenta François Mitterranda koncepcji Europejskiego Systemu Walutowego. Już w 1984 powrócił jednak do lewicowego rządu jako minister edukacji w gabinecie Laurenta Fabiusa, którym był przez kolejne dwa lata.
Po zwycięstwie socjalistów w 1988 mianowano go ministrem obrony w rządzie Michela Rocarda. Zrezygnował z tej funkcji, krytykując udział wojsk francuskich w I wojnie w Zatoce Perskiej. Dwa lata później odszedł z Partii Socjalistycznej, zakładając własne, nacjonalistyczne, lewicowe i eurosceptyczne ugrupowanie – Ruch Obywateli. W 1997 wprowadził tę partię w skład bloku lewicy. W tym samym roku został ministrem spraw wewnętrznych w gabinecie Lionela Jospina.
W 1998 przeszedł operację chirurgiczną pęcherzyka żółciowego. Po reakcji alergicznej na zastosowane znieczulenie zapadł w kilkudniową śpiączkę. Do pracy powrócił po kilku miesiącach. W 2000 po raz trzeci demonstracyjnie zrzekł się urzędu ministra, tym razem sprzeciwiając się planom przyznania Korsyce większej autonomii.