Jednak piłkarze nigdy nie znaleźli się w gronie laureatów elitarnych mistrzostw obwodu.
W 1992 roku wraz z odzyskaniem przez Ukrainę niepodległości drużynie przywrócono historyczną nazwę Probij, a już w połowie lat 90. XX wieku klub z Horodenki stał się jednym z czołowych drużyn w obwodzie. W sezonie 1993/94 zespół po raz pierwszy zdobył srebrne medale mistrzostw obwodu. Dzięki wicemistrzostwu otrzymał prawo do reprezentowania obwodu iwanofrankowskiego w rozgrywkach Amatorskiej Ligi. W sezonie 1994/95 zespół rywalizował w drugiej strefie Amatorskiej Ligi, zajmując wysokie trzecie miejsce. W 1995 roku z sukcesem startował w pucharze obwodu, w finale przegrywając 2:5 z Pokuciem z Kołomyi. Rok później ponownie grał w finale i tym razem zrewanżował się Kołomyi, pokonując ją w dogrywce 2:1. W sezonie 1998/99 klub po raz pierwszy został mistrzem obwodu, a w 2001 roku powtórzył ten sukces.
Po serii udanych występów nastąpił spadek formy. 1 września 2005 klub zmienił nazwę na Probij-Horodenka i od 2005 do 2010 roku zespół plasuje się pomiędzy 10. a 12. miejscem w najwyższej klasie rozgrywkowej obwodu. Bywało też, że nie wyjeżdżał na mecze ligowe. Sezon 2010 zakończył na wysokim, czwartym miejscu w tabeli najwyższej ligi obwodu.