Rzeka przepływa przez liczne jeziora z których największym jest Jezioro Swarzędzkie. Inne to Jezioro Góra, Jezioro Uzarzewskie oraz leżące na terenie Poznania stawy: Antoninek, Młyński, Browarny i Olszak. W dolnym odcinku, tuż przy ujściu powstało zaporowe Jezioro Maltańskie. Dalej przepływa pod ul. Jana Pawła II, wykorzystując XIX w. przepust Śluzy Cybińskiej. Cybina uchodzi do Warty na kilometrze 240,5. Dokładniej jest to prawe ramię Warty opływające Ostrów Tumski, zwane również Cybiną lub Kanałem Ulgi (właściwie Wschodnim Kanałem Ulgi, powstałym w ramach prac przy budowie Twierdzy Poznań).
Odcinek ujściowy w okresie średniowiecznym miał odmienny przebieg od obecnego. Przebiegał w rejonie obecnych ulic Św. Jacka i Cybińskiej, ale z czasem został zdegradowany przez nieczystości odprowadzane z dwóch miast: Śródki i Ostrówka, a potem uległ powolnej zabudowieEwa Pawlak, Paweł Pawlak, Świetność poznańskiej Śródki i Ostrówka z ziemi wydobyta, w: Wielkopolski Biuletyn Konserwatorski, tom IV/2015, s. 217, .. Jeszcze w okresie powojennym, gdy odcinek śródecki Cybiny zamarzał, stawał się ogólnodostępnym lodowiskiem. Jeżdżono tu na łyżwach i uprawiano hokej na lodzie.