Wojna Gempei W 1180 roku do Yoshinaki dotarł apel księcia Mochihito, wzywający ród Minamoto do powstania przeciw Tairom. Yoshinaka zaangażował się w wojnę Gempei, organizując armię w Shinano, które zresztą szybko opanował. W 1181 roku podjął próbę odzyskania rodzinnej prowincji Musashi, ta jednak znajdowała się już pod kontrolą Yoritomo. Kuzyni zawarli porozumienie, na mocy którego Yoshinaka musiał uznać Yoritomo za głowę rodu Minamoto, zrzec się praw do prowincji Musashi i wysłać syna Yoshitakę do Kamakury jako zakładnika. Czując się poniżony, Yoshinaka postanowił jako pierwszy zająć Kioto, pokonać Tairów i przejąć władzę nad rodem Minamoto.
Konflikt wewnątrz rodu Minamoto Yoshinaka pokonał armię Koremoriego Tairy w bitwie na przełęczy Kurikara i skierował się do Kioto. Tairowie wycofali się ze stolicy, zabierając ze sobą nieletniego cesarza Antoku. Trzy dni później armia Yoshinaki wkroczyła do Kioto, a były cesarz Go-Shirakawa nadał zwycięskiemu wodzowi tytuł asahi-shōgun.