Na scenie politycznej zaistniał w 1997 roku, gdy został przewodniczącym partii KANU w swej rodzinnej miejscowości. W tym samym roku wziął udział w wyborach, ubiegając się o mandat w parlamencie z okręgu Gatundu South Constituency, z którego wcześniej kandydował jego ojciec. Przegrał jednak z Mosesem Mwihią, mało znanym stołecznym architektem. Po porażce wyborczej Kenyatta wycofał się z życia politycznego. Swoją uwagę skupił na kierowaniu rodzinnym interesem, w skład którego wchodziła sieć 5-gwiazdkowych hoteli, linie lotnicze oraz gospodarstwa hodowlane.
Z politycznego niebytu wyrwał go prezydent Daniel Moi, który w 1999 roku mianował Kenyattę przewodniczącym Kenya Tourism Board (Zarząd Turystyki Kenii). W październiku 2001 roku Kenyatta wszedł w skład parlamentu, a w listopadzie 2001 roku prezydent Moi mianował go ministrem rządu lokalnego w swoim gabinecie. W marcu 2002 roku został wybrany jednym z czterech wiceprzewodniczących KANU. W czasie urzędowania Kenyatta zyskał duże zaufanie prezydenta Moi, przez co ten pod koniec swojej kadencji w lipcu 2002 roku, namaścił go na swojego następcę.