Po zwycięstwie Sancheza de Lozady, 6 sierpnia 2002 został zaprzysiężony na stanowisku wiceprezydenta Boliwii.
W lutym 2003 w Boliwii rozpoczęły się protesty przeciwko liberalnej polityce prezydenta Sancheza de Lozady, który postulował m.in. przyspieszenie prywatyzacji i wprowadzenie podatku dochodowego. We wrześniu 2003 rządowy plan eksportu boliwijskiego gazu ziemnego do Stanów Zjednoczonych i Meksyku przez międzynarodowe korporacje gazociągiem przez terytorium Chile (utracone przez Boliwię w wojnie o Pacyfik w XIX w.), doprowadził do nowej fali masowych strajków. Ich uczestnikami byli członkowie organizacji lewicowych i indiańskich. W wyniku pacyfikacyjnych działań służb bezpieczeństwa w zamieszkach z policją zginęło 85 osób. Wiceprezydent Mesa, wraz z rozwojem sytuacji, coraz bardziej dystansował się od działań prezydenta, aż w końcu wycofał swoje poparcie dla rządu.
Prezydent 17 października 2003 w wyniku protestów obywateli przeciw polityce gospodarczej i gazowej, prezydent Sanchez de Lozada zrezygnował ze stanowiska i wyjechał do USA. Jego następcą został z urzędu wiceprezydent Carlos Mesa.