FJ1200 W 1986 r. Yamaha podjęła decyzję o zwiększeniu wydajności modelu FJ1100 poprzez zwiększenie pojemności silnika, zmodernizowanie zawieszenia i innych elementów. Rezultatem było powstanie FJ1200. Produkowana była w trzech kolejnych wersjach (1TX, 3CV i 3XW), każda kolejna wersja była poprawiana pod kątem nadwozia, przedniego i tylnego zawieszenia oraz dodania opcjonalnego ABS, w który była wyposażona wersja FJ1200A. Wersja z ABS-em była produkowana w latach 1991 do 1996, wtedy Yamaha przestała sprzedawać model FJ1200 na terenie Wielkiej Brytanii. Natomiast na terenie USA, FJ-ta bez ABS-u przestała być sprzedawana w 1993 roku. Ówcześni konkurenci FJ1200 to Honda ST1100 Pan European, BMW K100/K100RS, Suzuki 1100 Katana, Kawasaki Ninja ZX10 oraz GTR1000.
Budowa Silnik
FJ1200 wyposażony jest w czterocylindrowy, chłodzony powietrzem i olejem rzędowy szesnastozaworowy silnik. W jednostce napędowej pracują dwa wałki rozrządu napędzane łańcuchem poprowadzonym przez środek silnika. Luz zaworowy regulowany jest za pomocą płytek. Silnik zasilają cztery gaźniki Mikuni BS36 zamontowane tuż za cylindrami, za pomocą gumowych króćców gaźnikowych. Gazy wylotowe odprowadzane są systemem czterech rur wylotowych do komory znajdującej się pod silnikiem, gdzie rozdzielane są do dwóch tłumików.