Musiał opuścić Lwów.
W lipcu 1944 w czasie walk niemiecko-sowieckich o Lublin był zastępcą dowódcy plutonu osłaniającego Komendę Miasta AK. Po jej rozwiązaniu przez NKWD i rozpuszczeniu żołnierzy wstąpił do Wojska Polskiego w stopniu st. strzelca podchorążego. Już we wrześniu został zwiadowcą 1 Samodzielnej Kompanii Zwiadowczej, podległej bezpośrednio dowódcy 1 Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki. W skład kompanii wchodziły dwa plutony piesze i pluton konny, dowódcą był por. Konstanty Minuczyc, były bosmanmat Flotylli Pińskiej.
mały|lewo|200px|Janusz Kowalski, 1948 14 września 1944 r. podchorąży Janusz Kowalski znalazł się w grupie 15 zwiadowców-ochotników, którzy mieli przepłynąć z Saskiej Kępy na Czerniaków w trzech gumowych pięcioosobowych łodziach i dotrzeć do oddziałów powstańczych. Janusz Kowalski dowodził łodzią, która jako jedyna dopłynęła do brzegu. Dwie pozostałe zostały rozbite w krzyżowym ogniu karabinów maszynowych z brzegu i mostu. Czterech zwiadowców zginęło, a sześciu, w tym trzech rannych, wróciło na Saską Kępę. Niestety łódź wylądowała na odcinku opanowanym przez Niemców. Udało się dwóch z nich wziąć do niewoli. Na podstawie ich informacji zwiadowcy przeszli w górę rzeki i okopywali się zdobycznymi łopatkami na wysokości wylotu ul. Wilanowskiej.