Z chwilą wybuchu II wojny światowej w 1939 funkcje zarządzające przejęła nowo utworzona przez Kolej Rzeszy Dyrekcja Kolei Rzeszy w Gdańsku (Reichsbahndirektion Danzig - RBD/Rbd Danzig. Od 1945 roku linia kolejowa Szymankowo - Nowy Dwór Gdański była administrowana przez Północną Dyrekcję Kolei Państwowych w Gdańsku (od 1975 roku Północną DOKP w Gdańsku). W styczniu 1949 odcinek Nowy Staw - Nowy Dwór Gdański przekuto na 750 mm, co wpisało go w sieć Gdańskich Kolei Dojazdowych. Kilka miesięcy później odcinek ten ponownie przebudowano na szerokość 1435 mm. Do roku 1994 pod Nowym Stawem istniało skrzyżowanie z linią wąskotorową Lichnowy - Lipinka Gdańska. W Nowym Dworze Gdańskim i Nowym Stawie istniały stacje styczne z siecią żuławskich kolei wąskotorowych. Prowadzono tam intensywne prace przeładunkowe. W okresie powojennym liczba pociągów osobowych oscylowała wokół 5 par: 1 pary relacji Tczew - Nowy Dwór Gdański i 4 par relacji Szymankowo - Nowy Dwór Gdański. Kolej zapewniała także transport towarów lokalnym zakładom przemysłowym, gospodarstwom rolnym i gminnym spółdzielniom z całego terenu Żuław Wiślanych. 10 lipca 1989 roku Północna DOKP w Gdańsku podjęła decyzję o zawieszeniu kursowania pociągów osobowych na linii nr 256, wprowadzając kolejową komunikację autobusową. KKA kursowała do 1997 roku.