W 1942 objął kierownictwo domu położniczego w Bielschowitz, a w 1944 ufundował pod Krakowem łaźnię solankowo-błotną jako dom położniczy i rekonwalescencji. Od 1 kwietnia 1933 roku był członkiem partii nazistowskiej. Dodatkowo w tym samym roku zapisał się do oddziałów szturmowych. Od habilitacji zajmował się doświadczeniami z kobietami, które nie mogą urodzić z powodu zatkania jajowodów. Od 1933 w Klinice Ginekologicznej w Królewcu przeprowadzał doświadczenia sterydy płciowe oraz syntetycznie wytwarzany progesteron. Celem była większa dokładność ich wytwarzania i ocena ich wpływu na wywoływanie bezpłodności.
Kiedy w ramach ostatecznego rozwiązania ustalono politykę zapobiegania rozmnażaniu się podludzi, osobiście zwrócił się do Heinricha Himmlera z sugestią przeprowadzenia eksperymentów mających na celu znalezienie praktycznej metody masowej sterylizacji. Lekarz podjął się tego zadania na bezpośrednie polecenie Himmlera po konsultacji z nim dnia 7 czerwca 1942 roku. Został przydzielony do przeprowadzenia programu sterylizacji w obozie kobiecym w Ravensbrück. W grudniu 1942 roku lekarz przybył do Oświęcimia. Od kwietnia 1943 roku pracował w Bloku 10 obozu. W ramach eksperymentów dziesięciu greckim Żydówkom wycięto jajniki. Jego eksperymenty zasadniczo polegały na wstrzykiwaniu roztworu formaliny do macicy więźniarek.