Depesza z rozkazem „Montera” nie dotarła jednak do obrońców dzielnicy.
Ewakuacja rozpoczęła się 26 września około godziny 20:00. Polskie oddziały wchodziły do kanałów w atmosferze wkradającego się już w szeregi rozprężenia. Odwrót kanałami trwał już kilka godzin, gdy niespodziewanie nadszedł kategoryczny rozkaz pułkownika „Montera”, polecający pułkownikowi „Karolowi” powrót wraz z wojskiem na Mokotów i kontynuowanie obrony. Do tego czasu w Śródmieściu znalazło się jednak ok. 800 powstańców – w tym dowództwo i 600 żołnierzy 10. Dywizji Piechoty AK oraz ok. 200 żołnierzy Zgrupowania „Radosław”.
Tymczasem około 400 powstańców wciąż znajdowało się w kanałach. Niespodziewany rozkaz przerwania ewakuacji powiększył tylko panujący w kanałach chaos. Część żołnierzy w popłochu zaczęła się wycofywać w kierunku Mokotowa, część szukać innych dróg. W dodatku nauczeni doświadczeniem Niemcy zabarykadowali niektóre odcinki kanałów i ustawili straże przy włazach. W rezultacie ostatnie grupki powstańców, które przed świtem 27 września weszły do kanałów, nie zdołały dotrzeć tą drogą do Śródmieścia. Obrzucane przez Niemców granatami błądziły długo w kanałach i częściowo wyginęły tam z wyczerpania lub zostały poduszone przez Niemców gazem z karbidu.