1 marca 2009 roku GSC Game World udostępniło jedną z wczesnych wersji gry (xrCore build 1935 z 18 października 2004). Jest to wersja, która m.in. zawiera lokalizacje usunięte z wersji finalnej takie jak Martwe Miasto, Bagna czy Generatory. Jednak ze względu na dużą liczbę błędów, firma GSC nie zapewnia dla niej wsparcia technicznego.
1 kwietnia 2009 GSC Game World ogłosiło, że prowadzone są prace nad kolejną grą: S.T.A.L.K.E.R.: Zew Prypeci, będącym fabularnym sequelem gry S.T.A.L.K.E.R.: Cień Czarnobyla.
W listopadzie 2010 GSC Game World poinformowało o współudziale w pracach nad serialem telewizyjnym S.T.A.L.K.E.R., który miałby rozgrywać się w realiach przedstawionych w grze komputerowej, opowiadając jednak osobną historię. Prace nad produkcją zostały anulowane.
Fabuła mały|Główny bohater – Naznaczony mały|Mapa świata gry. 1 – Kordon, 2 – Wysypisko, 3 – Instytut badawczy Agroprom, 4 – Dolina Mroku, 5 – Bar, 6 – Dzicz, 7 – Jantar, 8 – Magazyny wojskowe, 9 – Czerwony Las, 10 – Prypeć, 11 – Elektrownia jądrowa Rok 2006. Dwadzieścia lat po katastrofie w Czarnobylu w budynku byłej elektrowni atomowej ma miejsce kolejna eksplozja. W efekcie okoliczny teren ulega jeszcze większemu skażeniu, ludzie i zwierzęta poddają się mutacjom, powstają liczne anomalie przyrodnicze.