Na początku 2004 klub z przyczyn finansowych nie mógł zapłacić wpłaty wstępnej. Na pomoc przyszła część klubu Ararat Erywań, który spadł z najwyższej ligi. Odbyła się fuzja dwóch klubów i nowy klub jako Lernagorc-Ararat Kapan startował w Barcragujn chumb, a potem przeniósł się do Erywania, kontynuując historię Araratu.
Po tym, jak klub opuścił miasto kierownictwo Zangezurskiego Kombinatu Miedzi i Molibdenu postanowiło odrodzić klub. Założono klub o nazwie Gandzasar Kapan, co oznacza w tłumaczeniu z ormiańskiego "góra skarbów". Na początku przyjmował gości na stadionie w sąsiednim Jeghegnadzorze. W sezonie 2005 występując na własnym stadionie zajął 3. miejsce w II lidze i powrócił do najwyższej klasy rozgrywek. W sezonie 2009/2010 zadebiutował w rozgrywkach europejskich w Pucharze UEFA.
3 listopada 2020 roku Gandzasar Kapan ogłosił, że wycofuje się z Armeńskiej Premier League i Pucharu Armenii ze względu na trwające ograniczenia finansowe związane z trwającą pandemią COVID-19 w Armenii i konfliktu w Górskim Karabachu w 2020 roku.