W warstwie fabularnej największe podobieństwa pomiędzy obiema powieściami widać w wątku spotkania olbrzyma Mikromegasa i jego towarzysza z mikroskopijnymi ludźmi (spotkanie to przypomina wizytę Guliwera w kraju Liliputów) oraz w rozmowach z uczonymi, którzy przez swoją kłótliwość, ciasnotę poglądów i niemożność rozwiązania najbardziej podstawowych problemów nauki przypominają uczonych z Laputy w III części powieści Swifta.
Taka krytyka społeczeństwa, dokonywana w formie aluzyjnej lub poprzez poglądy wyrażane przez przybysza z obcego kraju, była dość częstym zabiegiem w literaturze oświecenia. Posłużył się nim np. Monteskiusz w Listach perskich, a sam Voltaire zastosował go również w innych swoich powiastkach filozoficznych: Zadigu i Prostaczku.
Opisując spotkanie Mikromegasa z uczonymi wracającymi z ekspedycji, Voltaire wykorzystał prawdziwą historię zorganizowania w 1736 r. francuskiej wyprawy naukowej do Laponii w celu pomiaru długości południka. W wyprawie tej wzięli udział m.in. Pierre Louis Maupertuis, Alexis Clairaut, Charles Étienne Louis Camus i Pierre Lemonnier.