Według niektórych przekazów wśród jego uczniów miał się też znajdować młody Christoph Willibald Gluck, jednak informacje o ich wzajemnych kontaktach nie znalazły, jak dotąd, potwierdzenia w źródłach. Kompozytor udzielał się również w życiu zakonnym. Wrocławski konwent minorytów obdarzył go w roku 1723 tytułem „magister musicae”. Jako przedstawiciel młodszej i liberalnie ukierunkowanej grupy minorytów kandydował Černohorský na wyższe stanowiska zakonne, niestety, bez powodzenia. Zwycięzcy – zwolennicy konserwatywnych porządków – wykorzystywali byle pretekst, by uprzykrzyć życie przedstawicielowi opozycji. Po śmierci ojca kompozytor nie zgodził się na przekazanie zakonowi należnej mu części spadku (nie chciał uszczuplenia majątku rodzeństwa), za co pozbawiono go wszystkich tytułów i nakazano trzyletni pobyt w małym klasztorze na prowincji. Przebywał tam w latach 1727–1730. Po powrocie do Pragi podjął starania o uzyskanie zgody na wyjazd do Włoch, na co zezwolono mu w 1731 roku. Do 1742 roku działał we Włoszech jako organista, zmarł w trakcie podróży do Czech w tym samym roku.
Twórczość Z twórczości Bohuslava Matěja Černohorskiego zachowało się niewiele utworów. Przede wszystkim są to wokalno-instrumentalne dzieła sakralne oraz kompozycje organowe.