Część wojskowych i dygnitarzy, którzy uciekali z kraju w obawie przed nowymi władzami, zasilili szeregi opozycji W sierpniu, północne tereny znalazły się pod okupacją sił rządowych.
Przebieg wydarzeń Początki rebelii (1987-1994) W styczniu 1987 roku, Joseph Kony ogłosił, że objawił mu się duch „Lakwena” (posłaniec), który kazał mu zdobyć Ugandę, zniszczyć grzeszników a krajem rządzić według Dziesięciu Przykazań. Kony był jednym z wielu proroków, którzy pojawili się po początkowym sukcesie Ruchu Ducha Świętego, założonego przez Alice Auma (będącą ciotkąlub kuzynką Josepha Kony). Były dowódca Armii Ludowo-Demokratycznej Ugandy, Odong Latek przekonał Kony'ego do rezygnacji z walki z wojskami rządowymi na rzecz partyzanckiej taktyki, głównie niespodziewanych ataków na cele cywilne, takie jak wioski. LRA prowadziło również sporadycznie ataki na dużą skalę, aby podkreślić niezdolność rządu do ochrony ludności. Do 1991 roku, LRA otrzymywało zaopatrzenie od wsi, z których została uprowadzona cześć mieszkańców;