Fabuła Resident Evil 3: Nemesis rozpoczyna się 24 godziny przed wydarzeniami z Resident Evil 2. Jill Valentine – członek oddziału S.T.A.R.S. (Special Tactics And Rescue Squad), podejmuje się próby ucieczki z Raccoon City, którego większość mieszkańców została zamieniona w zombie pod wpływem działania T-Virusa – nowego rodzaju broni biologicznej potajemnie opracowanego przez korporację Umbrella. W drodze do komisariatu policji w Raccoon City, Jill wpada na kolegę z oddziału Brada Vickersa, który zostaje następnie zabity przez Nemesisa, bioorganicznego mutanta stworzonego przez Umbrellę specjalnie w celu wyeliminowania ocalałych członków S.T.A.R.S., którzy po wydarzeniach z pierwszego Resident Evil stali się naocznymi świadkami nieetycznych i nielegalnych eksperymentów korporacji. Bohaterka inwigiluje budynek komisariatu w celu znalezienia pomocy, jednak wszyscy policjanci są już zamienieni w zombie. Następnie, unikając kilkakrotnie Nemesisa, Jill w mieście spotyka trzech ocalałych członków Umbrella Biohazard Countermeasure Service (UBCS): Carlosa Oliveirę, Michaiła Wiktora i Nikołaja Zinowjewa.