W 1949 w okresie wzmagającego się terroru komunistycznego odebrano mu niemal wszystkie materiały, z których część posłużyła później jako materiał dowodowy w procesie jego córki Anny – inwalidki wojennej z batalionu „Zośka”, którą skazano na 7 lat więzienia za: „gromadzenie i melinowanie materiałów gloryfikujących AK w celu poniżenia AL”Adam Borkiewicz: Powstanie warszawskie..., op. cit., s. 15.. W 1950 przeniesiono go na emeryturę. Zaczął wówczas współ­pra­cę z In­sty­tu­tem Hi­sto­rii PAN i In­sty­tu­tem Urba­ni­sty­ki i Ar­chi­tek­tu­ry PAN oraz – od 15 V 1951 – z ko­mi­sją re­dak­cyj­ną Atla­su Historycz­ne­go. W 1951 or­ga­ni­zo­wał rów­nież od­dział kar­to­gra­ficz­ny Cen­tral­nej Bi­blio­te­ki Woj­sko­wej. Pra­co­wał po­nad­to przy gro­ma­dze­niu i opi­sy­wa­niu ma­te­ria­łów do pu­bli­ka­cji Cen­tral­ny ka­ta­log zbio­rów kar­to­gra­ficz­nych w Pol­sceMarek Gałęzowski, Borkiewicz Adam [w:] idem, Wierni Polsce..., s. 48.