Konieczne okazało się przewidywanie dokładnej temperatury odbiornika zależnej od pracy urządzeń na pokładzie sondy, orientacji sondy oraz jej odległości od Słońca i mijanych planet..
Jowisz 250px|thumb|Trajektoria przelotu Voyagera 2 przez układ Jowisza
24 kwietnia 1979 roku Voyager 2 zaczął wykonywać pierwsze fotografie Jowisza, tworzące film ukazujący cyrkulację atmosferyczną planety. 2 lipca sonda osiągnęła granicę jowiszowej magnetosfery.
8 lipca 1979 roku sonda zbliżyła się do księżyca Kallisto na odległość 214 930 km. 9 lipca, zbliżając się do Jowisza, sonda przeleciała kolejno obok Ganimedesa (minimalna odległość 62 130 km), Europy (205 720 km) i Amaltei (558 370 km). Największe zbliżenie do Jowisza miało miejsce 9 lipca o 22:29:01 UTC, w odległości 721 670 km od centrum planety, około 650 000 km od szczytów chmur. Tego samego dnia, oddalając się od planety, sonda w dużej odległości (1 129 900 km) minęła Io.
3 sierpnia Voyager 2 opuścił obszar magnetosfery Jowisza, a 5 sierpnia 1979 roku zakończona została faza obserwacji planety.