Kapłaństwo Watts nie ukończył formalnego wykształcenia zen w Nowym Jorku, ponieważ nie odpowiadały mu metody nauczyciela. Mimo że nie został wyświęcony na mnicha zen, czuł potrzebę znalezienia ujścia dla swoich zawodowych filozoficznych skłonności. Poszedł do anglikańskiej (biskupiej) szkoły w Seminarium Duchownym w Evanston (Illinois), gdzie studiował pisma chrześcijańskie, teologię i historię Kościoła. Starał się wypracować połączenie współczesnego kultu i mistycyzmu chrześcijańskiego oraz filozofii Azji. Watts otrzymał tytuł magistra teologii w odpowiedzi na tezę, którą opublikował w popularnej pozycji pod tytułem „Behold the spirit”. Otrzymał honorowy tytuł doktora teologii na uniwersytecie w Vermont za swoje prace z teologii komparatywnej. Watts nie ukrywał swojej niechęci do różnych aspektów religii, surowości, pogrążenia w poczuciu winy, czy agresywnego prozelityzmu – niezależnie od tego czy dotyczyły judaizmu, chrześcijaństwa, hinduizmu, czy buddyzmu.
Przyjął święcenia kapłańskie w roku 1945, mając 30 lat, jednak zrezygnował z posługi w roku 1950. Przyczynił się do tego romans, po którym żona Wattsa wniosła o stwierdzenie nieważności małżeństwa.