W maju 1945 Armia Czerwona przekazała miasto polskiej administracji. W czerwcu ewakuowane zabytki wróciły do miasta. Ze względu na zniszczenia budynków, cenne okazy zostały zdeponowane początkowo w Składnicy Muzealnej w Oliwie. Rozpoczęta w 1946 odbudowa ratusza była przedsięwzięciem trudnym – zaliczana jest do wybitnych osiągnięć polskiej powojennej sztuki konserwatorskiej. Przy odbudowie elewacji wykorzystano dzieła sztuki, przedstawiające zabytek. Architekci wzorowali się na wyglądzie ratusza z obrazu Grosz Czynszowy gdańskiego malarza Antona Möllera. W październiku 1952 wnętrza ratusza zostały przekazane Muzeum Pomorskiemu w Gdańsku. Po wielu pracach murarsko-konserwatorskich, 2 kwietnia 1970, odbudowany ratusz przekazano na siedzibę Muzeum Historii Miasta Gdańska (od 2000 nosi ono nazwę Muzeum Historyczne Miasta Gdańska). Odbudowa ratusza zbiegła się w czasie z obchodami XXV-lecia wyzwolenia Gdańska. Do ratusza powróciły zabytkowe obrazy i meble, które przetrwały wojnę, a po niej zostały zdeponowane w Muzeum Pomorskim.
W 2000 na ratuszowej wieży został zamontowany nowy (37-dzwonowy) carillon, wykonany przez holenderską ludwisarnię Koninklijke Eijsbouts w Asten.