zabiegając o funkcjonowanie zlikwidowanego w 1939 przez Sowietów seminarium, udzielając święceń kapłańskich i wizytując parafie. Prowadził także działalność dobroczynną i informował Stolicę Apostolską o sytuacji we wschodniej Polsce.
Na wniosek arcybiskupa Bolesława Twardowskiego 1 marca 1944 papież Pius XII mianował go arcybiskupem koadiutorem archidiecezji lwowskiej i arcybiskupem tytularnym Parium. Rządy w archidiecezji przejął 22 listopada 1944. Od 1945 był wzywany przez władze sowieckie na całonocne przesłuchania, podczas których nakłaniano go do wyjazdu do Polski. Nie ulegał tym namowom do czasu pogorszenia się sytuacji Kościoła we Lwowie. W kwietniu 1946 opuścił Lwów, by od sierpnia 1946 rezydować w Lubaczowie, leżącym w polskiej części archidiecezji lwowskiej.
Z inicjatywy kardynała Adama Stefana Sapiehy 20 kwietnia 1951 Pius XII mianował go biskupem koadiutorem archidiecezji krakowskiej, pozostawiając na urzędzie arcybiskupa metropolity lwowskiego. Jednocześnie, na wypadek śmierci kardynała Adama Stefana Sapiehy, został wyznaczony na administratora apostolskiego archidiecezji z władzą biskupa rezydencjalnego. Obowiązki biskupa koadiutora objął 3 maja 1951, natomiast 23 lipca 1951 przejął rządy w archidiecezji. W Krakowie był również represjonowany przez władze komunistyczne.