Systematyka Klasa Microbotryomycetes została utworzona przez Roberta Bauera, Dominika Begerowa, José Sampaio, Michaela Weißa i Franza Oberwinklera w artykule The simple-septate basidiomycetes: a synopsis opublikowanym w „Mycological Progress” z 2006. Typem nomenklatorycznym jest rodzaj Microbotryum Lév. 1847. Według Species Fungorum do klasy Microbotryomycetes należą: podklasa Microbotryomycetidae E.C. Swann 1999 podklasa Incertae sedis rząd Heterogastridiales Oberw. & R. Bauer 1990 rząd Kriegeriales Toome & Aime 2013 rząd Leucosporidiales J.P. Samp., M. Weiss & R. Bauer 2003 rząd Rosettozymales Q.M. Wang & F.Y. Bai 2020 rząd Sporidiobolales Doweld 2001 rząd Sterigmoblongales Xin Zhan Liu & F.Y. Bai 2025 rząd Thailandicolales Kodchasee, Senwanna, Kumla & Suwannar. 2026 rząd Incertae sedis rodzina Chrysozymaceae Q.M. Wang, F.Y. Bai, M. Groenew. & Boekhout 2015 rodzina Colacogloeaceae Q.M. Wang, F.Y. Bai, M. Groenew. & Boekhout 2015 rodzina Mycogloiocolacaceae Schoutt. & Yurkov 2023 rodzina Incertae sedis
Przypisy .