Format rozgrywek W porównaniu z poprzednim sezonem formuła zmieniła się: liczba drużyn zmniejszyła się z 12 do 8, a turniej, podobnie jak w pierwszej edycji postsowieckiej, podzielony został na dwie fazy: w pierwszej drużyny spotkały się ze sobą dwukrotnie, raz u siebie i raz na wyjeździe. Zmieniono również sposób przyznawania punktów w klasyfikacji: za zwycięstwo przyznawano trzy punkty, za remis jeden, a za porażkę zero. Sześć najlepszych drużyn zakwalifikowało się do rundy finałowej, zdobywając połowę (zaokrąglając w górę) punktów zgromadzonych w pierwszej fazie.
Ostatnie dwie drużyny musiały zagrać w turnieju sześcioosobowym razem z dwoma najlepszymi drużynami z każdej z dwóch grup Esiliiga z sezonu 1994/1995: tylko pierwsza drużyna mogła zapewnić sobie miejsce w Meistriliiga. Pod koniec sezonu FIFA zmusiła Estońską Federację do ponownego przyjęcia Tevalte Tallinn, wykluczoną w poprzednim sezonie z rozgrywek bez konkretnych dowodów. W związku z tym konieczne było rozegranie barażu pomiędzy ostatnią drużyną w grupie mistrzowskiej a drugą w grupie przejściowej.
Faza zasadnicza
Faza finałowa
Turniej przejściowy