18 lipca 2008 roku został wprowadzony na drugą połowę przedsezonowego meczu towarzyskiego z Barnet i zachował czyste konto.
24 maja 2009 roku zadebiutował w spotkaniu ligowym, a stało się to podczas ostatniego meczu sezonu 2008/09 ze Stoke City. Arsenal wygrał 4-1.
16 września 2009 roku, z powodu kontuzji pierwszego bramkarza Almunii i jego zmiennika Fabiańskiego, Mannone zadebiutował w Lidze Mistrzów w spotkaniu fazy grupowej ze Standardem Liège. W ciągu pierwszych 5. minut tego mecz wpuścił dwa gole. Jednakże Arsenal odwrócił losy meczu i ostatecznie po golach wygrał 3-2.
Z powodu dalszej niedyspozycji Almuni, 19 września 2009 roku Mannone rozegrał swój drugi mecz w Premier League, który Arsenal wygrał 4-0. W kolejnym meczu, 26 września 2009 roku z Fulham na Craven Cottage Włoch ponownie zachował czyste konto. Zespół z Londynu wygrał 1-0, zaś Mannone otrzymał tytuł zawodnika meczu. Później stwierdził, że był to najlepszy mecz w jego karierze. 29 września 2009 roku w wygranym 2-0 spotkaniu Ligi Mistrzów z Olympiakosem ponownie nie dał się pokonać.