Budowa retrotranspozonów Retrotranspozony zbudowane są z trzech ważnych genów: gag, pol oraz int. Syntetyzowane są jako poliproteina a następnie cięte przez specyficzną proteazę kodowaną przez gen pol. Gen gag koduje białka biorące udział w dojrzewaniu i pakowaniu retrotranspozonów w celu ich integracji do genomu, gen pol - odwrotną transkryptazę i RNazę H, a gen int - integrazę.
Retrotranspozony LTR Retrotranspozony Ty1-copa oraz Ty3-gypsy wykazują podobną budowę oraz funkcję. Różnice obserwuje się w dwóch genach: int oraz pol.
Retrotranspozony non-LTR Elementy LINE (z ang. Long Interspersed Nuclear Elements) - retrotranspozony zawierające gen pol oraz gag co umożliwia ich trankrypcję i integrację do genomu. Nie stwierdzono u nich genu int. Stanowią około 20% ludzkiego genomu (ich liczbę szacuje się na 500 - 900 tys., jednak tylko około 100 uważa się za nadal aktywne). Elementy LINE mają zwykle ponad 5000 par zasad długości. Czasem powielają też inne sekwencje, np. sekwencje Alu. Wykorzystuje się je w badaniach tzw. genetycznych odcisków palców (zobacz też RFLP). SINE (z ang. Short Interspersed Nuclear Elements) to krótkie sekwencje stanowiące ok. 10% ludzkiego genomu, które nie kodują funkcjonalnych białek i do przemieszczania się wykorzystują inne retrotranspozony (np. LINE).