Innym kluczowym czynnikiem była niemożność odbycia dalekiej podróży na ŚDM w Rio de Janeiro ze względu na stan zdrowia.
Jego własny pontyfikat był ukierunkowany na dialog wiary z rozumem oraz walkę z „dyktaturą relatywizmu” w kulturze zachodniej. Opublikował trzy encykliki (w tym programową Deus caritas est) oraz monumentalną trylogię Jezus z Nazaretu. Jako papież podjął zdecydowane kroki w celu oczyszczenia Kościoła z nadużyć seksualnych duchownych, wprowadzając surowe procedury dyscyplinarne, oraz dążył do odnowy tradycji liturgicznej (m.in. poprzez motu proprio Summorum Pontificum).
Dokonał historycznego aktu rezygnacji z urzędu, który ogłosił 11 lutego 2013 roku, motywując go postępującym ubytkiem sił fizycznych i duchowych. Była to pierwsza dobrowolna abdykacja papieża od czasów Celestyna V w 1294 roku. Przez ostatnią dekadę życia Benedykt XVI rezydował w klasztorze Mater Ecclesiae w Ogrodach Watykańskich, poświęcając się modlitwie i pracy intelektualnej w odosobnieniu.
Zmarł 31 grudnia 2022 roku w wieku 95 lat. Uroczystości pogrzebowe, które odbyły się 5 stycznia 2023 roku na placu św. Piotra, miały charakter historyczny i bezprecedensowy w nowożytnych dziejach Kościoła – po raz pierwszy w historii mszę pogrzebową emerytowanego papieża sprawował jego urzędujący następca, papież Franciszek.