W 1934 roku równolegle rozpoczął rywalizację w konkurencji par sportowych z Maxi Herber. Baier / Herber byli pierwszą parą w historii łyżwiarstwa figurowego, która wykonała skoki równoległe w zawodach. W pierwszym roku wspólnych startów zdobyli brązowy medal mistrzostw świata 1934 w Helsinkach. Był to jedyny raz gdy nie wygrali zawodów w których uczestniczyli. Wspólnie sięgnęli po cztery tytuły mistrzów świata (1936–1939), pięć tytułów mistrzów Europy (1935–1939) oraz siedem tytułów krajowych (1934–1936, 1938–1941).
Na Zimowych Igrzyskach Olimpijskich 1936 Baier wystąpił indywidualnie zdobywając wicemistrzostwo olimpijskie oraz w parze z Maxi, wspólnie osiągając największy sukces w karierze – mistrzostwo olimpijskie. Po igrzyskach Ernst skupił się na występach w parze, przez co indywidualnie prezentował się jedynie na zawodach krajowych. Para Herbet / Baier kontynuowała wspólne występy amatorskie do 1941 roku.
Po zakończeniu kariery amatorskiej Baier rozpoczął pracę jako architekt i był zaangażowany w budowę kilku stacji metra w Berlinie. Po zakończeniu II wojny światowej Baier i Herber, już jako małżeństwo, występowali w pokazach łyżwiarskich. Później stworzyli swoją własną rewię berlińską w 1951 roku, którą później sprzedali słynnej Holiday on Ice.