W 1388, utworzona jednocześnie została ziemia chełmska jako samodzielna jednostka administracyjna, korzystająca z praw niemal równych województwu i ustanowiono niedźwiedzi herb Chełma. Nie kwapił się bp Stefan z objęciem sufraganii, pozostając kolejno biskupem pomocniczym kamieńskim, poznańskim i włocławskim. Przyczyną była prawdopodobnie niepewna jeszcze do końca sytuacja polityczna terenów diecezji, a i brak uposażenia biskupstwa miał pewnie niemałe znaczenie. Dopiero gdy arcybiskup metropolii halickiej, Jakub Strzemię, zaczął organizować na terenie diecezji chełmskiej pierwsze parafie (10), nominat pojawił się ok. 1404 w swojej siedzibie, bojąc się prawdopodobnie likwidacji biskupstwa. Sprawę komplikowały jeszcze pretensje biskupów lubuskich do tych terenów, odrzucone przez papieża w 1375, ale wciąż ponawiane. Jego działania nie były zbyt imponujące, gdyż w 1409 diecezję chełmską włączono do litewskiej diecezji łuckiej (wcześniej włodzimierskiej). Było to również wyrazem trwającego ciągle sporu pomiędzy Polską a Litwą o tereny diecezji. Unia horodelska (1413) ostatecznie potwierdziła, że ziemia chełmska należy do Polski, jednocześnie przywrócono diecezję chełmską.