Od początku rozgrywek 2009/2010 Belg do gry linii pomocy został wystawiany najczęściej u boku Włochów Filippo Sambugaro i Tommaso Bianchiego oraz Austriaka Daniela Wolfa.
27 stycznia 2010 Belg został wypożyczony do grającego w Serie A Cagliari Calcio, gdzie został rezerwowym. W odwrotnym kierunku powędrował Białorusin Michaił Siwakou. W pierwszej lidze Nainggolan zadebiutował 7 lutego w przegranym 0:3 wyjazdowym meczu z Interem Mediolan. Po zakończeniu rozgrywek Nainggolan został wykupiony z Piacenzy na stałe.
7 stycznia 2014 został wypożyczony do AS Romy na pół roku z opcją transferu.
Kariera reprezentacyjna Przez 6 lat grywał w juniorskich i młodzieżowych reprezentacjach Belgii (najwięcej spotkań i jedyną bramkę zanotował w U-21).
W seniorskiej kadrze zadebiutował 29 maja 2009 w zremisowanym 1:1 meczu z Chile, rozegranym w ramach Kirin Cup. W maju 2018 – na skutek braku powołania do kadry na Mistrzostwa Świata w Rosji – ogłosił zakończenie gry w reprezentacji.