13 czerwca 1998 roku rozpoczęto budowę plebanii z kaplicą. 24 grudnia 1998 roku w nowo wybudowanej kaplicy odprawiono Pasterkę. 1 stycznia 1999 roku poświęcenia kaplicy dokonał abp Józef Michalik. We wrześniu 2000 roku poświęcono plac, a następnie rozpoczęto budowę kościoła według projektu arch. Zbigniewa Białkiewicza.
10 maja 2002 roku przy parafii zaczął działać parafialny oddział Akcji Katolickiej. 13 maja rozpoczęły się nabożeństwa i procesje z figurą Matki Bożej Fatimskiej. W dniach 18–19 września 2002 roku w parafii odbyła się peregrynacja Kopii Obrazu Jasnogórskiego. W dniach 17–19 września 2004 roku w parafii odbywało się Ogólnopolskie Spotkanie Katolickiego Stowarzyszenia Kolejarzy Polskich.
Budowę kościoła ukończono w 2007 roku, a 24 grudnia odprawiono Pasterkę. 19 kwietnia 2009 roku abp Józef Michalik dokonał poświęcenia nowego kościoła.
W dniach 14–16 października 2011 roku w Przemyślu obradowała Konferencja Episkopatu Polski, a w parafii gościł abp Henryk Hoser z Warszawy. W dniach 16 - 17 listopada 2011 roku w kościele podczas archidiecezjalnej peregrynacji była adoracja Krzyża i Relikwii św. Jana Pawła II. W 2012 roku wykonano nowy ołtarz. 6 grudnia 2015 roku odbyła się konsekracja kościoła, której dokonał abp Józef Michalik. W 2018 roku wykonano Ołtarz Matki Bożej Miłosierdzia.