Od 1939 roku sprzeciwiał się nazistowskiej polityce Państwa Słowackiego, z tego powodu sympatyzujący z ruchem nacjonalistycznym duchowni ze Słowacji napisali memorandum krytykujące jego działania. W listopadzie 1939 roku zrezygnował ze stanowiska administratora apostolskiego Mukaczewa, jego rezygnacja została przyjęta przez papieża sześć miesięcy później. Następnie został mianowany biskupem preszowskim. Protestował przeciwko deportacji słowackich Żydów, apelując m.in. do Watykanu, by papież wpłynął na Jozefa Tiso, by ten zaprzestał prześladowań Żydów lub chociaż ustąpił ze stanowiska, by nie angażować Kościoła w tę działalność. Udzielał także chrztów słowackim Żydom chcącym uniknąć deportacji. 26 października 1942 roku słowacka Gwardia Hlinki poinformowała Ministerstwo Spraw Wewnętrznych, że w kraju ma miejsce duża liczba fikcyjnych konwersji na katolicyzm obrządku bizantyjskiego. Raport wskazał kilka przypadków, w których tylko jeden członek rodziny żydowskiej przeszedł na chrześcijaństwo, aby chronić wszystkich pozostałych. Spośród 249 wskazanych w raporcie rodzin żydowskich 533 Żydów przeszło na wiarę greckokatolicką lub prawosławną, aby uratować około 1500 swoich krewnych, którzy nie zmienili wyznania.