Po zakończeniu rewolucji rządząca autokratycznie partia PRI zawarła sojusz z ziemiaństwem z Chiapas i zablokowała wszelkie reformy. Sam stan natomiast pozostawał jednym z najbiedniejszych regionów kraju z jedną z najliczniejszych społeczności indiańskich. Nierozwiązane problemy społeczne znalazły swe ujście 1 stycznia 1994 r., kiedy to rozpoczęło się w stanie Chiapas powstanie ludności indiańskiej, znane jako powstanie zapatystów, walczącej o swą godność, prawa i możliwość przetrwania w skostniałej strukturze własności ziemi. Konflikt trwał głównie w czasie, gdy prezydentem był Ernesto Zedillo Ponce de León, który rozpoczął sprawowanie władzy w grudniu 1994. Po zmianie prezydenta doszło do podpisania porozumienia z rządem i nastała krucha równowaga. Ruch zapatystów (zob. Subcomandante Marcos) wspierany jest m.in. przez Sprawiedliwy Handel (Fair Trade). Mimo kolejnych obietnic administracji rządowej napięcie społeczne w Chiapas istnieje cały czas a problemy pozostały nadal nie rozwiązane.