W latach 1907–1937 bywał podejrzewany o herezję, stawał przed Świętym Oficjum, był poddawany badaniom psychiatrycznym i zawieszany w obowiązkach. Dopiero 17 lipca 1937 pozwolono mu ostatecznie wrócić do posługi kapłańskiej w Neapolu, w parafii San Giuseppe dei Nudi. Pozostawił po sobie 33 tomy komentarzy biblijnych, liczne dzieła teologiczne, mistyczne i ascetyczne, tomy listów i zapisków autobiograficznych.
Po wylewie doznanym w 1960 lewa strona jego ciała była sparaliżowana; zmarł w 10 lat później. Jego grób znajduje się w kościele św. Józefa dei Vecchi w Neapolu.
Akt zawierzenia W 1940 r. Dolindo Ruotolo zapisał podyktowany przez Jezusa Chrystusa Akt zawierzenia. Kulminacyjnym punktem modlitwy jest nowenna:
Proroctwo o św. Janie Pawle II Nazwiskiem Dolindo Ruotolo jest podpisana prorocza wiadomość z dnia 2 lipca 1965 dotycząca obalenia komunizmu przez polskiego papieża (jej autentyczność poświadczył słowacki biskup Pavel Hnilica):