W latach dziewięćdziesiątych następuje dalszy rozwój biblioteki, zorganizowane zostają kolejne wydziały: Muzeum Oświaty (przekształcony później w Wydział Instruktażowo-Metodyczny Edukacji Regionalnej) oraz Wydział Zbiorów Specjalnych – Zbiory Audiowizualne. Wciąż wzrasta liczba udostępnianych zbiorów.
W 1999 r., w wyniku reformy administracyjnej organem prowadzącym PBW w Katowicach zostało Województwo Śląskie. Biblioteka posiada 20 filii.
Od 1 września 2006 r. biblioteki filialne w Rybniku, Raciborzu i Wodzisławiu Śląskim zostały wyłączone ze struktury PBW w Katowicach i weszły w skład utworzonego Regionalnego Ośrodka Doskonalenia Nauczycieli i Informacji Pedagogicznej „WOM” w Rybniku.
W 2013 r. zlikwidowano trzy filie – w Czeladzi, Piekarach Śląskich i Świętochłowicach, natomiast w 2021 r. - dwie filie: w Dąbrowie Górniczej i w Tarnowskich Górach. Obecnie Pedagogiczną Bibliotekę Wojewódzką im.