W grze podwójnej Karolina Plíšková występowała ze swoją siostrą. Pierwsze wspólne tytuły zdobyły w 2006 roku w Rydze i na Malcie. W Australian Open 2010 siostry Plíškove zadebiutowały w turnieju wielkoszlemowym w grze podwójnej dziewcząt, ale w drugiej rundzie uległy najwyżej rozstawionym Tímei Babos i Gabrieli Dabrowski.
W kwietniu 2006 zadebiutowała w kobiecych turniejach Międzynarodowej Federacji Tenisowej w chorwackim Cavtat. Dwa lata później po raz pierwszy zakończyła takie zmagania z tytułem mistrzyni – miało to miejsce w Bol – w finale ograła rozstawioną Florence Haring. W maju 2009 wywalczyła drugie zwycięstwo w Grado – jako kwalifikantka w turnieju głównym wyeliminowała trzy najwyżej rozstawione zawodniczki, czyli Julię Schruff, Sandrę Záhlavovą i Jorgelinę Cravero. We wrześniu była też najlepsza w Noto, pokonując w całej imprezie cztery Japonki i jedną Chinkę.
W maju 2006 Plíšková otrzymała dziką kartę do eliminacji turnieju WTA Tour w Pradze. Odpadła jednak w pierwszej rundzie. Rok później znalazła się w drabince głównej tych zawodów i w swoim pierwszym spotkaniu w profesjonalnym cyklu Plíšková przegrała z Olgą Puczkową.