W czasie II wojny światowej Niemcy ponownie zamienili kościół na magazyny, który został niemal całkowicie zniszczony. W latach 1955–1960 kapelanem był ks. Julian Humeński, który przeprowadził gruntowną konserwację kościoła. W 1960 roku bp Franciszek Barda, dokonał poświęcenia odbudowanego kościoła. 14 sierpnia 1969 roku dekretem bpa Ignacego Tokarczuka została erygowana parafia wojskowo-cywilna, a powtórnie ustanowił ją 21 stycznia 1993 bp polowy Wojska Polskiego Sławoj Leszek GłódźHistoria. Do roku 2012 parafia należała do Krakowskiego Dekanatu Wojskowego.
Proboszczowie kapelanii garnizonu w Rzeszowie Źródło: Proboszczowie – kapelanii Garnizonu Rzeszów
1918–1919. ks. Józef Jałowy. 1919–1921. ks. Jakub Stec. 1921–1939. ks. płk Franciszek Kisiel. 1945–1947. ks. kpt. Franciszek Wojtyło. 1947–1948. ks. kpt. Maksymilian Goszyc. 1948–1951. ks. płk. Franciszek Kisiel. 1951–1955. ks. mjr Franciszek Frankowski. 1955–1960. ks. płk. Julian Humeński. 1960–1961. ks. Władysław Długosz. 1961–1963. ks. Wenancjusz Maćkowiak. 1963–1967. ks. płk Antoni Golębski. 1967–1986. ks.