W latach 20. XX wieku przeniesiony na krótko do niesienia posługi w Baku, następnie otrzymał stanowisko proboszcza parafii Ikony Matki Bożej „Wszystkich Strapionych Radość” we wsi Priszba. Mimo trwających prześladowań duchowieństwa prawosławnego i zamykania cerkwi samotnie podjął pracę nad wykonaniem w swojej świątyni dekoracji malarskiej. Parafia w Priszbie działała do 1933. Po jej administracyjnym zamknięciu kapłan wrócił do Baku, gdzie został kapłanem w cerkwi Narodzenia Matki Bożej, rozłączając się z rodziną. Odmówił porzucenia stanu duchownego, do czego kilkakrotnie usiłowali namówić go bolszewicy. W efekcie 20 marca 1933 został aresztowany razem z ojcem, żoną, bratem i dziećmi. Po półrocznym przetrzymywaniu w areszcie kapłan został skazany na pięć lat zesłania do Kazachstanu, do miasta Czymkient pod zarzutem szpiegostwa, działalności kontrrewolucyjnej i zamiaru nielegalnego opuszczenia ZSRR. Kapłan przyznał się do własnej niechęci do rządów bolszewików, twierdził jednak, że nigdy nie prowadził przeciwko nim czynnej działalności. Członkowie rodziny Joanna Ganczewa zostali uwolnieni, nigdy jednak nie mieli już spotkać się z księdzem. Jego korespondencja była poddawana cenzurze, nie pozwalano mu również na odprawianie nabożeństw.