W 1954 roku zaczął wydawać Film Culture, a od 1958 roku prowadził kolumnę „Movie Journal” w The Village Voice. W 1962 roku był współtwórcą Film-Makers’ Cooperative (FMC), a w 1964 r. Filmmaker’s Cinematheque, która przekształciła się w Anthology Film Archives – jedną z największych kolekcji filmów awangardowych. Filmy i liczne albumy z fotografiami i dokumentami (głównie dotyczące lub pochodzące od twórców awangardy filmowej z lat 1950–1980) były przenoszone w zależności od ilości pozyskanych przez Mekasa funduszy. Od czasu do czasu filmowiec sam opłacał koszty przechowywania archiwów. Z tego powodu, w najcięższych finansowo momentach musiał ograniczać udostępnianie kolekcji. Pomimo wszelkich trudności, zasługą Mekasa jest ocalenie dużej ilości filmów awangardowych i związanych z nimi materiałów.
Na jego dorobek składają się zarówno filmy fabularne (Guns of trees, 1961), jak i dokumentalne (The Bring, 1963), a także „pamiętniki” (Walden, 1969), które były często wyświetlane na festiwalach i w salach kinowych na całym świecie.
Jonas Mekas współtworzył New American Cinema – amerykańską awangardę filmową – współpracując w szczególności z Lionelem Rogosinem.