W tym czasie doprowadził do pokoju pomiędzy papiestwem a Normanami, czego efektem było pojednanie Roberta Guiscarda z Grzegorzem VII w 1080 roku.
Wybór na papieża Dezyderiusz, w rok po śmierci Grzegorza VII, został wybrany na papieża 24 maja 1086, dzięki poparciu księcia Normanów, Jordana i przyjął imię Wiktor. Imię to nawiązywało do Wiktora II, opiekuna króla Henryka IV – papież, wybierając to imię, chciał porozumieć się z dworem cesarskim w Niemczech.
Pontyfikat Zanim został konsekrowany, zmuszono go do opuszczenia Rzymu i powrotu na Monte Casino. W marcu 1087 roku odbył się synod w Kapui, który potwierdził ważność wyboru Wiktora III. Biskupi ustalili, że papież elekt powinien wrócić i objąć urząd, mimo opozycji, której przewodził arcybiskup Lyonu, Hugon. W tym czasie, w Rzymie rządził antypapież Klemens III, którego Normanowie usunęli z urzędu. Wiktor III został konsekrowany 9 maja 1087 roku w bazylice św. Piotra. W Rzymie pozostały wojska Klemensa III i, mimo poparcia księcia Jordana z Kapui oraz Matyldy Toskańskiej, Wiktor III nie był w stanie utrzymać władzy – po tygodniu papież wrócił na Monte Cassino.