Niewiele wiadomo o założeniu samego kościoła. Zakłada się, iż miało to miejsce w XII w., po wybudowaniu kościoła św. Rajnolda, możliwe, że na fundamentach wcześniejszej budowli. W 1267 kościół Mariacki jest wymieniony po raz pierwszy w dokumentach. W pierwszych dokumentach i kronikach budowla jest do XIV w. określana jako Capella Regis, co wskazuje na jej szczególny związek z pałacem królewskimKlaus Lange: Capella Regis. Zum Bauprogramm der Dortmunder Marienkirche. in: Beiträge zur Geschichte Dortmunds und der Grafschaft Mark. 83/84, 1992/1993..
Według Luise von Winterfeld najstarszym literackim świadectwem o kościele Mariackim jest wzmianka w pochodzącym z pocz. XIII w. starofrancuskim eposie o czterech synach Hajmona z Dendermonde (fr. Quatre fils Aymon).
Historyczny korpus kościoła został wzniesiony w XII w. jako późnoromańska, trzynawowa bazylika z parą bliźniaczych wież od zachodu. Zespół budowniczych kościoła Mariackiego wywodził się przypuszczalnie z Nadrenii i zbudował później kościół św. Ludgera w MünsterHermann Kessemeier: Ein Beitrag zur Baugeschichte und ein Bericht über den Wiederaufbau der Marienkirche. w: Konrad Lorenz: Die Ev. St. Marienkirche zu Dortmund. Dortmund (Eigenverlag der Mariengemeinde) 1981, s. 54..