Po powrocie do Moskwy trafił – dzięki protekcji swojego byłego dowódcy, ks. Wasilija Golicyna – na dwór carski w charakterze przybocznego posła duńskiego. Podczas uroczystej audiencji miał okazję osobiście poznać carów Piotra I (1682-1725) i Iwana V (1682-1696). Od tego momentu datuje się początek jego błyskotliwej kariery; w 1663 został majorem i podpułkownikiem. Uczestniczył w wyprawach krymskich ks. Golicyna lat 1687 i 1689, za które został awansowany do stopnia pułkownika (1687). Z okazji narodzin pierworodnego syna Piotra I, otrzymał stopień generał-majora (1690). Obalenie regentki Zofii i objęcie samodzielnej władzy przez Piotra I, zafascynowanego osiągnięciami zachodniej cywilizacji, stało się początkiem ich bliskiej przyjaźni. Car zaczął często bywać w Niemieckiej Słobodzie i będąc gościem Leforta, to właśnie w jego domu poznawał zachodnioeuropejską kulturę, której elementy starał się później wprowadzać w Rosji. W pewnym momencie dom ten uznawano nawet za nieoficjalny dwór cara, ponieważ każdy urzędnik lub dygnitarz, który chciał widzieć Piotra, najłatwiej mógł go zastać właśnie tam. Sam Lefort dość szybko w tym czasie awansował: w 1691 car mianował go generał-porucznikiem, a dwa lata później pełnym generałem. Był jednym z pierwszych dowódców tworzonej przez Piotra armii rosyjskiej europejskiego typu.