20 listopada 1917 roku parafia została erygowana dekretem arcybiskupa metropolity warszawskiego Aleksandra Kakowskiego. Pierwszym proboszczem został ks. Karol Bliziński. W marcu 1919 roku parafię odwiedził nuncjusz apostolski arcybiskup Achilles Ratti (późniejszy papież Pius XI). W latach 1924–1928 zbudowano dzwonnicę oraz dokonano prac modernizacyjnych i konserwacyjnych.
Kościół Narodzenia Najświętszej Maryi Panny był pierwszym kościołem na Mokotowie.
Kościół, który przetrwał większość II wojny światowej z nieznacznymi uszkodzeniami, został doszczętnie zniszczony podczas powstania warszawskiego. Zachowała się jedynie dzwonnica, fronton, kaplica oraz nieznaczne elementy wyposażenia. W latach 1945–1959 istniał prowizoryczny budynek kościelny dobudowany do ocalałego frontonu.
Kościół parafialny (po II wojnie światowej) Kościół św. Michała Archanioła