Sytuacja, wymagająca szybkiego tempa prac spowodowała, iż ponad 90% części i podzespołów do nowego samolotu skopiowano z jego poprzednika. Zmieniono jednak w sposób znaczny układ aerodynamiczny maszyny. Hs 121 był zastrzałowym górnopłatem z „mewim” skrzydłem (wzorowanym na zastosowanych w samolotach myśliwskich konstrukcji inżyniera Zygmunta Puławskiego z PZL), tymczasem nowy Hs 125 miał układ zastrzałowego dolnopłata. Reszta konstrukcji, a więc kadłub, usterzenie, podwozie i zespół napędowy pozostał bez większych zmian. Nie licząc sposobu mocowania do kadłuba, skrzydła również były wzięte z modelu Hs 121. Umocnione zostały one zastrzałami przymocowanymi do podwozia samolotu oraz stalowymi cięgnami. Tak jak w Hs 121, w prototypie Hs 125 zostało przewidziane mocowanie na pojedynczy karabin maszynowy kalibru 7,9 mm MG 17, jednak te prototypy latały bez uzbrojenia.
Pierwszy z prototypów Hs 125a (oznaczany później jako Hs 125V1) był po prostu przebudowanym drugim prototypem Hs 121b. Podobnie było w przypadku Hs 125b, który powstał na bazie Hs 121c. Oznaczono go cywilną rejestracją D-EKAN i nie licząc różnicy w osłonie silnika był niemal identyczny z Hs 125a.