Kariera reprezentacyjna Karierę reprezentacyjną rozpoczął 28 maja 1995 w meczu przeciwko reprezentacji Ekwadoru, wygranym 3:0. Rok później wziął udział w Pucharze Azji, w których zagrał w czterech spotkaniach z Syrią, Uzbekistanem, Chinami (bramka) i Kuwejtem.
Był ważnym zawodnikiem reprezentacji podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 1998 (15 spotkań/1 bramka), zakończonych awansem do turnieju. Po otrzymaniu powołania na turniej finałowy zagrał w trzech meczach grupowych z Argentyną, Chorwacją i Jamajką.
Powołany był także na Copa América 1999, gdzie wystąpił w spotkaniu z Paragwajem. Po raz ostatni w reprezentacji zagrał 8 września 1999 w meczu przeciwko Iranowi, zremisowanym 1:1. Łącznie Naoki Soma w latach 1995–1999 wystąpił w 59 spotkaniach, w których strzelił 5 bramek.
Mecze i gole w reprezentacji#DataMiastoPrzeciwnikGolWynikRozgrywki1.28.05.1995Tokio3:0towarzyski2.03.06.1995Londyn1:2Umbro Cup3.06.06.1995Liverpool0:3Umbro Cup4.10.06.1995Nottingham2:2Umbro