W 1527 roku część wsi Wielkie Wilkonice dziedziczone po Barbarze Smolickiej zostały sprzedane Mikołajowi Wilkońskiemu. Potem, w 1566 roku pewna wdowa od Wojciecha Wilkońskiego nabyła w 1570 za 1 000 złotych węgierskich jego części w Wilkonicach. W XIII w już żaden Wilkoński nie mieszkał w Wilkonicach.
W 1710 Wilkonice były jednym z majątków należącym do rodu Awdańców.
Do czasu rozbiorów leżała w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kröben (krobskim) w rejencji poznańskiej. Wilkonice należały do okręgu krobskiego tego powiatu i stanowiły część majątku Wilkoniczki, którego właścicielem był wówczas (1846) Teofil Gorzewski. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 116 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 12 dymów (domostw).
W 1852 roku w Wilkonicach powstała jednoklasowa szkoła katolicka, która funkcjonowała do 1974 roku.
W latach 1975–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa leszczyńskiego.
Przypisy