Przetrwało do czasów rewolucji francuskiej (1789), gdy zastąpiło je seminarium duchowne w Ain Waraqah.
Od początku XVII wieku w Libanie zaczęły powstawać domy zakonów Zachodu – kapucynów (1626), karmelitów (1635), jezuitów (1656). W 1694 roku patriarcha Douaihy ustanowił pierwszy zakon maronicki – świętego Antoniego. Na początku XVIII wieku wśród maronitów doszło do sporów na tle latynizacji ich obrządku. W celu ich rozstrzygnięcia w roku 1736 odbył się synod w Louaizeh, który jednak nie podjął decyzji w tej kwestii, a tylko potwierdził unię z Rzymem.
W 1845 roku, a później w 1860 roku doszło do walk z druzami, w wyniku których kilka tysięcy maronitów zginęło, a wielu spośród nich uciekło. Na skutek dyplomatycznej i militarnej interwencji Francji Porta Osmańska udzieliła maronitom autonomii. Druga fala emigracji nastąpiła po zakończeniu I wojny światowej, w czasie której wspólnota maronicka cierpiała głód wskutek blokady gór Libanu. W roku 1919 patriarcha Elias Hoayek reprezentował mieszkańców Libanu na konferencji pokojowej w Wersalu. Pod mandatem francuskim (1919–1943) maronici cieszyli się autonomią i swobodą kultu. W niepodległym Libanie tworzą drugą liczebnie grupę wyznaniową.