30 września 1943, w czasie walk o Merefę i przeprawy przez Udę został ranny; w dokumentach pułku odnotowano go jako zaginionego bez wieści.
Duchowny w rzeczywistości został odnaleziony i skierowany na leczenie w Moskwie, po którym uznano go za niezdolnego do dalszej służby na froncie. Zamieszkał na stałe w Moskwie razem z dwiema mniszkami, zamierzał również wrócić do służby duszpasterskiej; wskutek zmiany polityki władz ZSRR wobec Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego czynni kapłani (tzw. „pracownicy kultu”) niezależnie od wieku nie podlegali już mobilizacji. Jednak w listopadzie 1944 duchowny został zatrzymany w Moskwie i oskarżony o uchylanie się od służby wojskowej poprzez fałszywe podawanie się za „pracownika kultu”. 15 stycznia 1945 uznano go za winnego zarzucanego mu czynu i skazano na dziesięć lat łagru oraz pozbawiono uzyskanego na froncie stopnia. 4 marca tego samego roku hieromnich Pimen przybył z transportem więźniów do jednego z łagrów w Workucie. Na miejscu pracował jako instruktor sanitarny ze względu na posiadane w tej pracy doświadczenie. 18 września 1945 został zwolniony na mocy amnestii dla uczestników II wojny światowej po stronie radzieckiej. Jego stan zdrowia znacznie się pogorszył;